Ciencia Social Abierta

Sesión 5: Flujo reproducible / Protocolo IPO


Juan Carlos Castillo & Tomás Urzúa

Sociología FACSO UChile


Primer Semestre 2026

cienciasocialabierta.netlify.app

Contenidos


1. Barreras a la reproducibilidad
2. Carpeta de proyecto - Protocolo IPO
3. Rutas relativas

Contenidos


1. Barreras a la reproducibilidad
2. Carpeta de proyecto - Protocolo IPO
3. Rutas relativas

Elementos para la reproducibilidad

  • Carpeta de proyecto autocontenida y transferible

  • Escritura abierta:

    • texto simple/plano, libre de software comercial
    • citas
    • documentos dinámicos

  • Flujo de trabajo documentado y reproducible

  • Repositorio con datos y código de análisis abierto

  • Control de versiones

Barreras a la reproducibilidad

“Al principio Dios vio un Excel lleno de colores”

¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

A. ad-hoc (menos reproducible)

  • cada investigador define numero de archivos, nombres, carpetas y organización
  • explicar al resto cómo se organiza
  • documentar en un archivo cómo se organiza

–> reproducibilidad y transparencia LIMITADA

¿Cómo organizar el flujo de trabajo?

B. Protocolo de trabajo reproducible

  • estructura de carpetas y archivos interconectados que refieren a reglas conocidas

  • autocontenido: toda la información necesaria para la reproducibilidad se encuentra en la carpeta raíz o directorio de trabajo.

Contenidos


1. Barreras a la reproducibilidad
2. Carpeta de proyecto - Protocolo IPO
3. Rutas relativas

Protocolos reproducibles

Ejemplo protocolo reproducible: TIER

Protocolo TIER

Protocolo IPO

[I]nput

[P]rocesamiento

[O]utput

Protocolo IPO

Estructura de archivos y carpetas

├── input: información externa como datos, imágenes, .bib:
|   ├── data-orig: archivos de datos originales y metadatos disponibles
|   ├── data-proc: archivos de datos procesados
│   ├── imagenes
│   ├── bib: archivos de bibliografía
│   ├── prereg: archivos de pre-registro si están disponibles
|
├── procesamiento:
│   - preparacion.qmd
│   - analisis.qmd
|
├── output: tablas, gráficos y otras salidas del procesamiento.
│   ├── graphs
│   ├── tables
|
- readme.md : archivo general de introducción
- paper.qmd / paper.html / paper.pdf: el artículo/paper

Versiones de IPO

Plantilla Descripción Software Documentos dinámicos Control de versiones Enlace
IPO-base Orientado a cualquier software o paquete estadístico. Emplea la estructura de carpetas del protocolo. Cuaquiera NO NO IPO base
IPO-R Orientado a usuarios de R. Emplea la estructura general de carpetas y posee énfasis en la reproducibilidad de resultados (tablas, figuras, etc) R SI NO IPO R
IPO-Rgit Mantiene la misma estructura básica, esta versión es una actualización para aprovechar todas las herramientas de reproducibilidad, colaboración y publicación ofrecidas por los entornos de trabajo Quarto / Github. R+Git SI SI IPO R+Git

Principios básicos

  • orden: ¿podré comprender y reproducir esto en 5 años?

  • comentar los códigos: registrar brevemente los motivos de cualquier decisión

  • el código de preparación debería comenzar cargando los datos originales y terminar guardando los datos procesados en la carpeta correspondiente (proc).

Flujo de trabajo reproducible

Protocolo IPO en contexto Quarto

  • Quarto tiene una lógica en sí reproducible, y puede simplificar el uso de protocolos.

  • Si todo el procesamiento se hace en el mismo documento paper.qmd, entonces basta con la carpeta input de IPO.

  • Recomendación: realizar la preparación en código externo (carpeta proc) y el análisis en el paper.qmd.

  • Es solo una propuesta, el sentido último es la reproducibilidad más que el cumplimiento estricto

Contenidos


1. Barreras a la reproducibilidad
2. Carpeta de proyecto - Protocolo IPO
3. Rutas relativas

Rutas relativas

  • forma de “señalar el camino” para abrir y guardar archivos al interior de una carpeta de proyecto autocontenido (= sin referencias locales)

  • este camino tiene básicamente 3 direcciones:

    • bajar -> hacia subcarpetas

    • subir -> hacia carpetas superiores

    • subir y bajar -> hacia otras subcarpetas

Rutas relativas: bajando

  • para “bajar” hacia a una subcarpeta, simplemente damos la ruta de la carpeta/archivo

    • ej: si estoy en el archivo paper.Rmd (directorio raíz), y quiero incluir una imagen (directorio input/images/imagen.jpg), entonces la ruta es input/images/imagen.jpg

    • o para señalar la ruta al bib desde paper.Rmd (en raíz): input/bib/referencias.bib

Rutas relativas: subiendo

  • para subir se utilizan los caracteres ../ por cada nivel.

  • Ej: si quiero guardar una tabla en el directorio raíz generada desde un archivo de código en la subcarpeta proc, entonces la ruta es ../tabla.html

Rutas relativas: subiendo y bajando

  • combinación de las anteriores

  • Ej: para abrir la base de datos original en la subcarpeta input/data desde el código de procesamiento en la subcarpeta proc, entonces: ../input/data/original.dat

Resumen


  • Barreras a la reproducibilidad
  • Protocolos reproducibles: TIER, IPO
  • Navegación con rutas relativas



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